Euro Surveill. 2020;25(14):pii=2000326
Pierre-Yves Boëlle , Cécile Souty , Titouan Launay , Caroline Guerrisi , Clément Turbelin , Sylvie Behillil , Vincent Enouf , Chiara Poletto , Bruno Lina , Sylvie van der Werf , Daniel Lévy-Bruhl , Vittoria Colizza , Thomas Hanslik , Thierry BlanchonLes cas de SG et d'IRA sont signalés en temps réel par les médecins généralistes participants (environ 600 médecins généralistes) dans toute la France. La définition de cas du SG est la fièvre d'apparition soudaine (> 39 ° C) avec des signes respiratoires (toux, écoulement nasal) et la myalgie chez une personne de tout âge. Les cas d'IRA comprennent toute maladie avec des signes respiratoires et ne sont suivis que chez les personnes de plus de 65 ans, contrairement au SG. De plus, les médecins généralistes de Sentinelles prélèvent des prélèvements nasopharyngés dans un cas de SG et jusqu'à deux cas d'IRA par semaine pour la caractérisation virale [4]. Virus de la grippe (voir Supplément), le virus respiratoire syncytial, le rhinovirus humain et le métapneumovirus humain sont systématiquement recherchés, et le SRAS-CoV-2 a été ajouté fin février 2020. Au cours de la première semaine de test, semaine 9 (la semaine commençant le 24 février 2020), aucun des 119 écouvillons soumis ont été testés positifs pour le SRAS-CoV-2. Au cours de la semaine 10 de 2020 (la semaine commençant le 2 mars 2020), 93 écouvillons ont été prélevés chez des patients SG et 23 chez des patients ARI, et deux écouvillons dans chaque catégorie étaient positifs pour le SRAS-CoV-2.
Pour le SG, l'un des deux cas positifs de SG avait été collecté car le patient avait signalé un lien direct avec un cluster existant dans l'est de la France. Nous avons calculé le nombre prévu de consultations pour le syndrome grippal en utilisant la superposition d'une composante grippale saisonnière [5] et épidémique [6], comme détaillé dans le supplément . Les cas en excès ont été calculés comme la différence entre les cas observés et les nombres attendus. Cette approche de modélisation a permis de calculer les cas en excès dans 11 des 13 régions, mais n'a pas fourni un bon ajustement dans les deux autres régions où un pic de grippe marqué n'était pas présent (voir Supplément). L'incidence globale du syndrome grippal a montré une augmentation renouvelée avec 33 (95% d'intervalle de crédibilité (CrI): -8 à 64) consultations pour 100000 en excès pendant la semaine 9 et avec 84 (95% CrI: 447 à 108) consultations pour 100000 en excès par semaine 10. Quatre des 11 régions ont affiché un excès positif (CrI excluant 0) à la semaine 9 et sept régions à la semaine 10 ( figure ). Les décomptes confirmés de cas de COVID-19 ont été obtenus sur le site Web de Santé Publique France [7]. Le nombre de cas en excès est corrélé au nombre cumulé de cas de COVID-19 signalés dans les mêmes régions (r = 0,59; p <0,05) au cours de la semaine 10. En supposant une croissance exponentielle (typique des premières épidémies) de la 8e à la 10e semaine, 2020, nous avons constaté que le nombre excessif de cas avait un taux de croissance exponentiel par semaine de 0,69 (95% CrI: 0,55-0,86) en Grand-Est (GRE), 0,67 (95% CrI: 0,55 à 0,83) en Ile de France (IDF ), 0,68 (95% CrI: 0,56 à 0,83) dans les Hauts de France (HDF), 0,61 (95% CrI: 0,48 à 0,75) en Occitanie (OCC) et 0,56 (95% CrI: -1,6 à 0,8) dans l'ensemble de la France ( Tableau ). Pour l'ARI, les deux écouvillons positifs ont été collectés dans les régions Bourgogne-Franche Comté (BFC) et GRE, sur un total de sept écouvillons dans ces deux régions. Nous avons estimé que 760 (95% CrI: 219-1 706) consultations ARI chez les personnes âgées de plus de 65 ans dans ces deux régions (BFC et GRE) auraient pu être causées par COVID-19 au cours de la semaine 10 (2 sur 7 pour un total de 2600 Visites ARI). Nous n'avons pas poursuivi la modélisation des cas excédentaires pour l'IRA car les séries chronologiques (présentées dans le supplément ) étaient trop bruyantes pour décomposer correctement les données en une partie saisonnière attendue plus les cas en excès.
Les virus de la grippe A (H1N1) pdm09 et de la grippe B ont co-circulé en 2019/20 en France [10] (voir Supplément ). Les saisons avec circulation du virus de type B peuvent conduire à une lente décroissance de l'incidence mais une nouvelle augmentation est atypique [1]. Les vacances scolaires normales de 2 semaines ont débuté entre mi-février et début mars selon les régions. Si les vacances peuvent modifier la dynamique de la grippe [9], cela a généralement un effet dans la phase ascendante de l'épidémie plutôt qu'après le pic.
La pandémie COVID-19 peut avoir changé le comportement de recherche de santé des patients et, dans une certaine mesure, le signalement des médecins généralistes contributeurs bien qu'ils se conforment à une définition de cas. Dans le système de surveillance crowdsourced grippenet.fr [10], il n'y avait aucune preuve d'augmentation des consultations: 30% ont consulté un médecin généraliste pour un syndrome grippal pendant la semaine 10, contre 38% la semaine 9. Les informations concernant le risque de coronavirus étant largement répandues, on aurait pu s'attendre à une augmentation uniforme dans toutes les régions dans ce scénario plutôt que dans quelques régions seulement. Nous reconnaissons cependant qu'une augmentation des taux de consultation dans les régions où le COVID-19 est le plus signalé pourrait être possible.
La similitude entre le COVID-19 et les symptômes de la grippe rend possible que les cas de syndrome grippal en excès soient dus à des cas de COVID-19. La présence d'écouvillons positifs pour le SRAS-CoV-2 chez les patients confirme cette possibilité. La corrélation entre le nombre de cas confirmés et l'excédent calculé est également cohérente avec ce scénario. Dans ce cas, l'excès de cas est compatible avec une croissance exponentielle à un rythme estimé d'environ 0,7 par semaine. Il est intéressant de noter que cette estimation était très similaire dans les quatre régions les plus touchées (GRE, IDF, OCC, HDF). Il peut s'avérer utile d'aider à calibrer des modèles pour étudier l'impact de la pandémie COVID-19.
L'estimation du nombre réel de cas de COVID-19 ne peut être que provisoire à ce stade précoce de l'épidémie avec des données provenant d'un système de surveillance non dédié. Il est probable que la définition de cas de SG ne permet pas d'identifier tous les cas de COVID-19. De plus, seuls quelques cas ont été testés virologiquement, ajoutant de l'incertitude dans les estimations. Pourtant, le taux de consultations en excès pour SG appliqué aux régions françaises a donné un nombre de cas bien supérieur aux cas confirmés, avec 12 840 cas dans la FID et environ 10 000 cas dans les régions GRE et HDF. De même, le nombre extrapolé de COVID-19 se présentant comme ARI était de 760 chez les plus de 65 ans dans les deux régions de l'Est (GRE et BFC): c'était déjà le double du nombre de cas rapportés dans ces régions à l'époque (n = 379 ), tous âges confondus.
Alors que nous entrons dans une période de circulation généralisée du SRAS-CoV-2, la surveillance basée sur la description clinique et l'écouvillonnage par les médecins généralistes s'avérera essentielle pour évaluer la situation.